Четвертый удар был нанесен, и теперь Рэй, Синдзи и Аска остались без своих боевых роботов Евангелионов. Ребята скитаются по Японии и находят пристанище среди людей, которых осталось уже не так много на Земле.
Они пытаются начать новую жизнь, но впереди вновь маячит опасность — новый Удар не за горами, и он грозит уничтожить человечество. Людям предстоит последний бой за жизнь.