Организация NERV, ведущая борьбу с человекоподобными роботами, одержала победу в непростом противостоянии, и теперь в город возвращается прежняя жизнь. Главный герой по имени Синдзи Икари чувствует опустошение из-за поражения, случившегося с последним Ангелом. Парень посещает свою подругу Асаку в госпитале и под воздействием своего обезумевшего состояния совершает поступок, который лишь ухудшает его психику. Тем временем, Гэндо Икари уничтожает все, что связывает его с SEELE, чтобы увидеть свою умершую жену. Идет последняя подготовка к Третьему удару и Рэй вместе с Лилит предстоит сразиться против новой угрозы. Удастся ли пилотам Евангелиона отразить атаку и справиться со своими внутренними демонами?