Войне против «Гилдии» наконец-то пришел конец. «Вооруженное детективное агентство» и «Портовая мафия» объявили временное перемирие. В Йокогаму возвращается мирная жизнь. Однако спокойное время продлилось недолго. Появляются слухи, что на свободе все еще ходят оставшиеся члены «Гильдии», которые жаждут расправы. Осаму Дадзаю предстоит расследовать эти слухи и обратиться к прошлому, чтобы выяснить связь между таинственным взрывом, произошедшим много лет назад, и появлением нового врага. А тем временем, в игру вступает новый герой по имени Федор Достоевский, лидер пиратской организации, известной как «Крысы из Дома мертвых». Его цели и планы устрашающе, и нужно как можно скорее предотвратить конец света.